清代屬游仙鄉(xiāng)，1931始建芝英鎮(zhèn)。
解放初，分為芝英、油川、西盧、堰頭、橫沿、前俞、溪岸等，1955年堰頭鄉(xiāng)劃入城區(qū)。
1958年公社化后，屬芝英公社所屬溪岸、黃店、油川3個管理區(qū)，1961年10月為芝英區(qū)的芝英、溪岸、油川、黃店4個公社，1984年改為芝英鎮(zhèn)、溪岸鄉(xiāng)、油川鄉(xiāng)、堰頭鄉(xiāng)，1992年4月溪岸鄉(xiāng)、油川鄉(xiāng)、堰頭鄉(xiāng)并入芝英鎮(zhèn)。
2001年7月由原芝英鎮(zhèn)合并清溪鎮(zhèn)的雅莊、八口塘、蓮塘等6個行政村成立芝英街道辦事處。
2003年行政區(qū)劃優(yōu)化，將杜山頭、鄭頭、堰頭、橋里、下堰頭、上徐頭、沙端、下余、車馬河、陳園10個行政村劃歸經(jīng)濟開發(fā)區(qū)托管；2009年撤銷芝英街道建制，設立芝英鎮(zhèn)，名稱沿用至今。