石柱鎮(zhèn)清代屬合德鄉(xiāng)及武平鄉(xiāng)的部分地。
1956年9月石柱、江瑤、下楊、俞溪頭四個鄉(xiāng)屬石柱鎮(zhèn)；1958年9月石柱區(qū)改稱為躍進公社（后改八一公社），下轄新樓、舟山、前倉、新店、石柱、俞溪頭管理區(qū)；1959年3月，石柱公社分設(shè)為新新公社和石柱公社。
1961年調(diào)整公社規(guī)模，本地分屬石柱區(qū)的石柱公社、俞溪頭公社；1984年改稱為石柱鄉(xiāng)、俞溪頭鄉(xiāng)；1985年石柱鄉(xiāng)改為石柱鎮(zhèn)：1992年撤、擴、并，俞溪頭鄉(xiāng)并入石柱鎮(zhèn)。
2001年7月區(qū)劃調(diào)整后，與舟山、前倉、新店等鄉(xiāng)鎮(zhèn)并入重新設(shè)置石柱鎮(zhèn)；2006年5月全市區(qū)域再度調(diào)整，由原石柱管理處和新店管理處的部分組建石柱鎮(zhèn)，名稱沿用至今。