原旁垟、垟頭、下村垟原稱旁洋、洋頭、下村洋村，解放初均屬西鳳翔鄉(xiāng)；1950-1956年旁洋、洋頭屬鳳洋鄉(xiāng)，下村洋屬半洋鄉(xiāng)。
1956年，全屬鳳洋鄉(xiāng)。
1958年分別建立旁洋、洋頭、下村洋生產(chǎn)隊，屬泗溪公社鳳洋生產(chǎn)大隊；1959年2月起屬泗溪公社鳳洋管理區(qū)。
1961年9月起改為旁垟、洋頭、下村洋生產(chǎn)大隊，屬新建的鳳洋公社。
1984年5月改為旁垟、垟頭、下村垟行政村，屬鳳垟鄉(xiāng)。
1992年重新認定革命老區(qū)，垟頭、下村垟2村被認定為革命老區(qū)村。
2004年原旁垟、垟頭、下村垟3村合并組建三門垟村，2011年4月鳳垟鄉(xiāng)撤銷，并入泗溪鎮(zhèn)。
2016年行政區(qū)劃調(diào)整后并入包垟鄉(xiāng)。