南宋咸淳間（1265～1274）屬於潛縣豐國(guó)鄉(xiāng)，明初屬豐國(guó)前鄉(xiāng)，清嘉慶十七年（1812）藻溪莊屬豐國(guó)前鄉(xiāng)。
民國(guó)21年（1932）屬藻溪鎮(zhèn)，民國(guó)36年（1947）屬藻溪鄉(xiāng)至解放。
1950年為藻溪鄉(xiāng)藻溪村，1958年為昌化縣天目公社藻溪管理區(qū)董家、藻溪生產(chǎn)隊(duì)，1961年為臨安縣藻溪公社董家、藻溪、新寺生產(chǎn)大隊(duì)，1984年為藻溪鄉(xiāng)董家、藻溪、新寺村，1989年屬藻溪鎮(zhèn)。
2007年村規(guī)模調(diào)整，三村合并為藻溪村，轄3個(gè)自然村。
2011年1月為天目山鎮(zhèn)藻溪村。