以駐地指南山得名。
南宋咸淳間（1265～1274）屬臨安縣永寧鄉(xiāng)，明代屬永安鄉(xiāng)，清乾隆二十四年（1759）屬永安一圖。
民國初屬金永鄉(xiāng)，民國17年（1928）屬金永區(qū)，民國24年（1935）屬永安鄉(xiāng)，民國30年（1941）屬永安鄉(xiāng)至解放。
1950年為指南鄉(xiāng)指南村，1956年為臨目鄉(xiāng)指南村，1958年為天目山公社指南生產(chǎn)隊，1960年為臨目公社指南生產(chǎn)大隊，1984年為臨目鄉(xiāng)指南村，2001年屬太湖源鎮(zhèn)。
2007年村規(guī)模調(diào)整，指南村規(guī)模不變，轄2個自然村。
村境有闊葉林古樹群，“指南秋色”為市境最具代表性的鄉(xiāng)村秋景。
獲評2011年臨安市“綠色家園、富麗山村”建設(shè)精品村。