南宋咸淳間(1265~1274)屬臨安縣天目鄉(xiāng),明代仍之,清乾隆二十四年(1759)黃溪、南章、門塢屬天目一圖,龍溪屬辰隆一圖。
民國(guó)初屬金永鄉(xiāng),民國(guó)17年(1928)屬金永區(qū),民國(guó)24年(1935)屬青云鄉(xiāng),民國(guó)30年(1941)屬天目鄉(xiāng)至解放。
1950年為天源鄉(xiāng)龍溪村,1954年為南莊、龍溪、橫溪低級(jí)社,1955年為橫溪高級(jí)社,1958年為天目山公社南莊、龍溪、橫溪生產(chǎn)隊(duì),1961年為東天目公社南莊、龍溪、橫溪生產(chǎn)大隊(duì),1984年為東天目鄉(xiāng)南莊、龍溪、橫溪村,2001年屬太湖源鎮(zhèn)。
2007年村規(guī)模調(diào)整,三村合并為南莊村,轄10個(gè)自然村。
獲評(píng)杭州市級(jí)文明村和2010年臨安市“綠色家園、富麗山村”建設(shè)精品村。