南宋咸淳間（1265～1274）屬於潛縣惟新鄉(xiāng)。
清嘉慶十七年（1812）方圓、更樓、秧田莊屬波亭前鄉(xiāng)。
民國初屬太陽鄉(xiāng)，民國21年（1932）方元鋪村屬方元鄉(xiāng)，民國31年（1942）屬西菩鄉(xiāng)，民國36年（1947）屬波西鄉(xiāng)至解放。
1950年為方元鄉(xiāng)方元鋪村，1958年為昌化縣太陽公社方元管理區(qū)方元、更樓生產(chǎn)隊(duì)，1960年9月屬臨安縣，1961年為方元公社方元、更樓生產(chǎn)大隊(duì)，1984年為方元鄉(xiāng)方元、更樓村，1992年屬於潛鎮(zhèn)。
2007年村規(guī)模調(diào)整，兩村合并為方元村。
轄7個(gè)自然村。