1949年10月后沿稱智仁鄉(xiāng)，屬大荊鎮(zhèn)；1951年5月屬雙閤區(qū)；1956年2月太和鄉(xiāng)并入本鄉(xiāng)；1956年8月，樂清縣行政區(qū)劃調整，屬大荊區(qū)；1958年公社化時成立智仁管理區(qū)，屬仙溪公社；1961年管理區(qū)撤銷，成立智仁公社，屬大荊區(qū)；1981年11月改名旸谷岙公社；1983年10月政社分設，改稱旸谷岙鄉(xiāng)；屬大荊區(qū)；1992年5月復名智仁鄉(xiāng)，直屬樂清縣；1993年12月樂清撤縣設市，屬樂清市；2011年4月并入大荊鎮(zhèn)；2015年樂清市調整大荊鎮(zhèn)管轄范圍，增設湖霧鎮(zhèn)和智仁鄉(xiāng)。
調整后智仁鄉(xiāng)轄21個行政村，鄉(xiāng)政府駐智仁鄉(xiāng)大井頭村。