據(jù)清光緒32年(公元1906年)富陽(yáng)縣志記載，窈口在清末屬棲鶴鄉(xiāng)。
1949年解放后屬石馬鄉(xiāng)，1950年為窈口區(qū)石馬鄉(xiāng)窈口村（窈口、百莊、南塘），1956年為湖源鄉(xiāng)窈口高級(jí)農(nóng)業(yè)社，1958年為湖源公社窈口管理區(qū)，1961年為湖源公社窈口大隊(duì)、百莊大隊(duì)，1964年百莊大隊(duì)并入窈口大隊(duì)，1981年4月，百莊大隊(duì)從窈口大隊(duì)析出，同年11月屬窈口公社，1984年3月為窈口鄉(xiāng)窈口村、百莊村。
1993年后歸屬湖源鄉(xiāng)，2007年12月行政村規(guī)模調(diào)整時(shí)重新合并為窈口村沿用至今。