相傳上古舜帝曾避丹朱難于石堰虞山。
唐、宋、元、明、清屬龍泉鄉(xiāng)。
806-866年(唐元和至咸通年間)余姚置鹽場于石堰，976-984年(北宋太平興國年間)，改稱石堰買納場，設場署于石堰，故村中有大街里三和里等古代村巷遺址。
1916年(民國五年)余姚縣鹽場公署由石堰遷至庵東，石堰鹽場終止。
民國29年（1940）至解放初屬余姚縣龍北、高風2鄉(xiāng)。
1950年4月為石堰鄉(xiāng)一村、二村、三村和高風鄉(xiāng)六村。
中華人民共和國成立之后，石堰曾是石堰鄉(xiāng)政府駐地，1956年2月并屬橫河鄉(xiāng)。
1959年2月屬石堰管理區(qū)。
1961年11月為石堰公社石堰、永福、王梁、堰南、翁郎橋大隊。
1966年12月永福、堰南（與翁家橋大隊合并）大隊分別改名為紅旗、先鋒大隊。
1979年9月劃歸慈溪縣。
1981年7月紅旗、先鋒大隊分別復名為永福、堰南大隊。
1983年9月為石堰鄉(xiāng)石堰、永福、王梁、堰南村。
1992年5月并屬橫河鎮(zhèn)。
2001年2月村規(guī)模調整，4村合并為石堰村。