淳安縣歷史悠久，在新石器時代就有人類活動。
春秋屬吳、越戰(zhàn)國屬楚、秦時為歙縣(現(xiàn)安徽)轄地。
東漢建安十三年（208），孫權(quán)遣威武中郎將賀齊擊山越，分歙縣東之葉鄉(xiāng)置始新縣，分歙縣南之武強鄉(xiāng)置新定縣，此為淳安、遂安建縣之始。
西晉太康元年（280）改新定縣為遂安縣。
隋開皇九年（589）改始新縣為新安縣,并遂安、壽昌縣入新安縣。
仁壽三年（603），遂安縣從新安縣分出復立。
大業(yè)三年（607）改新安縣為雉山縣。
唐文明元年（684），復改雉山縣為新安縣。
開元二十年（732）改新安縣為還淳縣，唐永貞元年（805），避憲宗李純名諱，改還淳為青溪縣。
北宋宣和三年（1121），改淳化縣為淳安縣。
1958年10月，淳安、遂安兩縣合并為淳安縣。
三國吳置新都郡，以始新縣治為郡治。
西晉太康元年（280），易新都郡為新安郡，縣治仍為郡治。
隋開皇九年（589）置郡置州，屬婺州。
仁壽三年（603）置睦州，縣為州治并屬之。
唐武周神功元年（697），睦州治所始遷建德縣治。
北宋宣和三年（1121），改睦州為嚴州，咸淳元年（1265）改為建德府，隸屬未變。
元時，淳安、遂安屬建德路；明、清屬嚴州府；1912年屬浙江�。�1914年屬金華道；1935年屬第五行政督察區(qū)；后又多次變更，至1949年，淳安、遂安兩縣改隸第四行政督察區(qū)。
解放后，初屬建德專署，1950年撤建德專署，改屬金華專署，1955年劃歸復設的建德專署。
1958年撤建德專屬，淳安屬金華專屬。
1963年，淳安縣劃屬杭州市。
兩縣均建置于208年，為劃徽州歙縣東鄉(xiāng)、南鄉(xiāng)而設，時稱始新縣和新定縣。
新定縣于280年改名遂安縣。
始新縣名幾經(jīng)更迭，于1131年定名淳安縣。
1958年10月，撤銷遂安縣，并入淳安縣，名稱一直沿用至今。