清代部分居民點(diǎn)已建村，清朝早期歸屬麗江府下蘭州羅氏土知州管轄，清乾隆二年（1737）屬麗江府瀾滄江東保，清晚期屬麗江縣江東西里。
1912年蘭坪設(shè)治之初，劃歸蘭坪州江東西里。
1922屬蘭坪縣第七區(qū)江東西里。
1934年，推行區(qū)、鄉(xiāng)鎮(zhèn)自治，劃歸第四區(qū)集鳳鄉(xiāng)，為閭、鄰建制，1939年改為保甲制。
1941年全面推行鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲建制，水銀廠、鳳村統(tǒng)一劃編為石登鄉(xiāng)第十一保，直至解放初。
1953年劃區(qū)鄉(xiāng)政權(quán)時(shí)，以石登鄉(xiāng)第十一保之為區(qū)域成立蘭坪縣第三區(qū)石登片水銀廠鄉(xiāng)，鄉(xiāng)政府駐水銀廠村。
1958年下半年公社化時(shí)期屬石登人民公社來登管理區(qū)，基本以村為單元組建生產(chǎn)隊(duì)，1961年4月歸屬19個人民公社之一的小格拉公社，編入水銀廠管理區(qū)。
1962年4月單獨(dú)設(shè)立第二區(qū)水銀廠公社，1967年11月，劃編為石登區(qū)革命委員會水銀廠人民公社。
1969年1月更名為石登公社革命委員會水銀廠大隊(duì)。
1984年2月設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，成立石登區(qū)水銀廠鄉(xiāng)人民政府。
1987年12月撤銷區(qū)的建制，實(shí)行鄉(xiāng)鎮(zhèn)制，設(shè)立石登鄉(xiāng)水銀廠村公所，原生產(chǎn)隊(duì)改稱生產(chǎn)合作社。
2000年12月“村改委”時(shí)改稱水銀廠村民委員會。
自得名后沿用至今。