2001年4月得名。
解放初屬北衙區(qū)，1951年至1957年屬鶴慶縣第五行政區(qū)，1958年為北衙區(qū)芹河鄉(xiāng)，1960年3月，北衙、爐坪、西園、芹河4個(gè)鄉(xiāng)成立北衙公社；西邑、響水河、七坪、水井、奇峰5個(gè)鄉(xiāng)成立七坪公社；為北衙公社芹河管理區(qū)，1963年又將北衙、七坪兩個(gè)公社合并，為北衙區(qū)芹河人民公社。
1967年改屬為前進(jìn)區(qū)，1970年撤區(qū)改社為前進(jìn)公社芹河大隊(duì)，1978年復(fù)名北衙公社，為北衙公社芹河大隊(duì)。
1984年撤社改區(qū)，大隊(duì)改為鄉(xiāng)，為北衙區(qū)芹河鄉(xiāng)。
1988年全縣開(kāi)展區(qū)鄉(xiāng)體制改革，撤區(qū)建鄉(xiāng)，原小鄉(xiāng)改為村公所，為北衙鄉(xiāng)芹河村公所。
2001年4月，經(jīng)云南省人民政府批準(zhǔn)，北衙撤鄉(xiāng)置鎮(zhèn)，撤銷(xiāo)北衙鄉(xiāng)，設(shè)立西邑鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐地由北衙村遷至西邑村。
撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)后，西邑鎮(zhèn)管轄原北衙鄉(xiāng)管轄的行政區(qū)劃，隸屬關(guān)系不變，所屬村民委員會(huì)不變，為西邑鎮(zhèn)芹河村民委員會(huì)，名稱(chēng)沿用至今。