1955年10月耿馬成立傣族佤族自治縣所下設(shè)的五個區(qū)58個編制中屬，58個鄉(xiāng)之一，隸屬耿馬宣區(qū)。
1969年是區(qū)、鄉(xiāng)、合作社改為公社，大隊、生產(chǎn)隊三級，耿宣區(qū)改為紅衛(wèi)公社，石灰窯鄉(xiāng)改稱石灰窯大隊隸屬紅衛(wèi)公社。
1984年2月至5月實行農(nóng)村政設(shè)合一體制改革，社區(qū)建鄉(xiāng)政社分設(shè)，公社改區(qū)，大隊改鄉(xiāng)，生產(chǎn)隊改合作社。
原紅衛(wèi)公社改稱為耿新區(qū)，石灰窯大隊改稱為石灰窯鄉(xiāng)隸屬耿宣區(qū)。
1988年1月至4月，實行區(qū)、鄉(xiāng)體制改革，區(qū)改鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），鄉(xiāng)改村公所。
耿宣區(qū)與耿馬鎮(zhèn)合建立耿宣鎮(zhèn)后又更名為耿馬鎮(zhèn)，石灰窯鄉(xiāng)改稱為石灰窯辦事處，隸屬耿馬鎮(zhèn)。
2000年實行村集體制改革，村公所（辦事處改為村民委員會），石灰窯辦事處改稱為石灰窯村民委員會至今，隸屬耿馬鎮(zhèn)。