唐、宋時期屬于弱水西悉董王轄區(qū)。
元朝屬于朵甘思宣慰使司都元帥府，由芒康臺吉管轄。
明代后期歸昌都強(qiáng)巴林寺管轄。
崇禎十五年（1642），噶丹頗章政權(quán)建立后，在桑昂曲宗地方設(shè)立桑昂曲宗（今林芝地區(qū)察隅縣）和作崗宗（今左貢縣），由噶丹頗章政權(quán)直接管理。
清雍正三年（1725），左貢地方復(fù)歸芒康臺吉管理。
宣統(tǒng)二年（1910），作崗宗改為科麥縣，隸屬昌都府。
1911年，實(shí)施改土歸流。
1918年，西藏地方政府將科麥縣改為左貢宗，歸朵麥基巧管理。
1939年，成立西康省，將科麥縣（左貢）劃入西康省。
1943年，西藏地方政府推行宗溪制，仍設(shè)左貢宗。
1950年，左貢轄有幫達(dá)宗、碧土宗、左貢宗3個宗，統(tǒng)稱左貢宗。
1950年10月，中國人民解放軍解放左貢宗，成立碧土解放委員會，后改為左貢宗解放委員會。
1960年1月，經(jīng)國務(wù)院正式批準(zhǔn)，撤銷左貢宗，設(shè)立左貢縣，隸屬昌都專區(qū)。
2014年，撤銷昌都地區(qū)，設(shè)立地級昌都市，左貢縣隸屬昌都市。