在松贊干布統(tǒng)一西藏前，班戈縣東部屬蘇毗部落，西部屬相雄部落。
13世紀，元廷從區(qū)域上將其劃入“納里速宣慰使司都元帥府”。
清朝時，雍正六年（1728），清政府在拉薩設駐藏大臣辦事衙門。
乾隆十六年（1751），清王朝派兵平息了珠爾默特那木扎勒事件，并制定“善后章程十三條”，對西藏地方行政體制進行了重大改革，實行政教合一的統(tǒng)治方式。
今班戈一帶屬西藏北方四部落中的朗如宗，歸駐藏大臣管轄。
1942年，西藏政府為加強地方的控制，設立黑河羌機總管，并在朗如宗的江龍正式設立宗本府，始稱“江龍宗”。
1956年11月23日，經中央批準，西藏工委建立了江龍宗辦事處，隸屬黑河分工委領導，機關設在那曲卡。
1959年7月，黑河分工委在青龍宗設立青龍縣。
同年8月，成立青龍縣人民政府。
1960年1月，國務院正式批準，撤銷朗如宗設立班戈縣。
同年青龍縣與卡多拉尼和曲柯部合并，成立達木薩迦縣，1960年9月10日，江龍縣改為班戈縣，機關駐地由班戈湖遷到普保，正式成立班戈縣人民政府。
1964年5月，經西藏工委批準，班戈縣與達木薩迦縣合并，仍稱班戈縣。
1975年，因地質原因，縣城遷至現址。
1978年8月，經西藏自治區(qū)批準，將色哇區(qū)及牧場大部劃歸雙湖辦事處，全縣轄9個區(qū)、37個鄉(xiāng)。
1989年，撤區(qū)并鄉(xiāng)時，形成所轄1個區(qū)、18個鄉(xiāng)、133個建制村。
1999年，撤消德慶區(qū)，全縣轄18個鄉(xiāng)、133個建制村。
2002年，行政區(qū)劃調整，鄉(xiāng)級建制由原來的18個鄉(xiāng)縮減為4鎮(zhèn)6鄉(xiāng)，村級建制由原來的133個建制村縮減為90個建制村、5個居委會。
2017年7月，國務院批準撤銷那曲地區(qū)，設立地級那曲市。
班戈縣屬那曲市管轄。