新中國成立初，石人子溝村為迪化第一區(qū)（東區(qū)）蘆草溝地區(qū)石人子溝鄉(xiāng)管轄，1958年5月，改隸米泉縣東風(fēng)公社第二大隊(duì)。
1960年11月，烏魯木齊縣蘆草溝公社管轄。
1984年命名為石人溝村。
1988年11月，石人子溝村由東山區(qū)蘆草溝鄉(xiāng)管轄。
2007年6月，石人子溝村屬“水磨溝旅游風(fēng)景風(fēng)景區(qū)辦公室”管轄。
2012年1月，石人子溝村隸屬于水磨溝區(qū)水磨溝街道“農(nóng)村事務(wù)管理辦公室”。
2013年12月，石人子溝村屬石人子溝街道，沿用至今。