1949年前為坪灘鄉(xiāng)第三保。
1949年為坪灘鄉(xiāng)三村。
1957年合作化時(shí)期為光輝合作社。
文革期間為紅星公社三大隊(duì)。
1981年地名普查為坪灘公社馬家溝大隊(duì)。
1984年體改為坪灘鄉(xiāng)馬家溝村。
1985年撤銷(xiāo)坪灘鄉(xiāng)，設(shè)立坪灘鎮(zhèn)，為坪灘鎮(zhèn)馬家溝村。
1992年，撤坪灘區(qū)，保華鄉(xiāng)、嘉陵鄉(xiāng)并入坪灘鎮(zhèn)，為坪灘鎮(zhèn)馬家溝村。
1994年，坪灘鎮(zhèn)析出嘉陵鄉(xiāng)，為坪灘鎮(zhèn)馬家溝村。
2004年獅子蓋村并入。
2020年5月，義學(xué)堂村并入。