民國(guó)時(shí)期，屬雙河鄉(xiāng)第3保。
建國(guó)后，1951年建政為雙河鄉(xiāng)第3村。
1955年，建社為雙河鄉(xiāng)鮮花社。
1958年，為雙河公社3管理區(qū)。
1962年，為雙河公社3大隊(duì)。
1967年，為齊心公社3大隊(duì)。
1972年，仍為齊心公社3大隊(duì)。
1981年，地名普查命名為金堂公雙店大隊(duì)。
1984年，為雙流鄉(xiāng)雙店村。
1985年，為雙流鎮(zhèn)雙店村。
1992年，撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)時(shí)，仍為雙流鎮(zhèn)雙店村。
2020年，村級(jí)建制調(diào)整，撤銷瓦店村和雙店村，合并設(shè)立雙店村（營(yíng)府函〔2020〕72號(hào)）。