解放前為盤龍鄉(xiāng)2保。
解放后1952年民主建政為群樂鄉(xiāng)4村，1958年為紅日公社21管理區(qū)，1961年編為群樂公社7大隊，1983年公社改鄉(xiāng)為群樂鄉(xiāng)石碓窩村。
1992年9月撤銷群樂鄉(xiāng)，石碓窩村劃歸巨龍鎮(zhèn)管轄，為巨龍鎮(zhèn)石碓窩村。
1994年7月撤群樂鄉(xiāng)復建群樂鄉(xiāng)，為群樂鄉(xiāng)石碓窩村。
2019年，行政區(qū)劃調整，將碓窩村劃歸巨龍鎮(zhèn)管轄。
2020年，村級建制調整，撤銷石難窩村、玉寶山村，合并設立石碓窩村（蓬安府發(fā)〔2020〕6號）。