明朝時期，馬踏鎮(zhèn)境域設(shè)安仁鄉(xiāng)。
清朝時期，設(shè)清和鄉(xiāng)、太平鎮(zhèn)。
民國初年，改名馬踏鄉(xiāng)，屬犍為縣。
1951年6月，劃歸井研縣。
1952年，分為中心、共和、大同、勝利、同心5鄉(xiāng)。
1958年，5鄉(xiāng)合并為馬踏公社。
1962年，分為馬踏、四合、石泉3公社。
1984年，公社改鄉(xiāng)。
1985年，鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。
1986年，石泉鄉(xiāng)并入。
1992年，四合鄉(xiāng)并入。
1995年9月，析置四合鄉(xiāng)。
2019年12月，撤銷黃缽鄉(xiāng)和四合鄉(xiāng)，將其所屬行政區(qū)域劃歸馬踏鎮(zhèn)管轄。