西漢時（前206～25）屬犍為郡南安縣（今樂山）管轄，東漢屬犍為郡江陽縣所屬。
北周武帝時（561～578）開鑿鹵源豐富的大公井后置公井鎮(zhèn)。
犍為郡設(shè)榮州衙門于公井鎮(zhèn)。
唐武德元年（618）改公井鎮(zhèn)為公井縣。
宋神宗熙寧四年（1071）改公井縣為公井鎮(zhèn)屬榮德縣（今榮縣）管轄。
明嘉靖年間（1522～1566）改公井為貢井。
清雍正八年（1730）以榮溪河為界，以東及南（含今筱溪街、長土鎮(zhèn)一帶）設(shè)稱富榮東廠，河西貢井（屬榮縣，含今貢井街、艾葉鎮(zhèn)一帶）為富榮西廠，分別在自流井和貢井設(shè)置縣丞署。
民國成立后，鹽政發(fā)生變化，貢井設(shè)蓆草田、茍氏坡、黃石坎鹽垣管區(qū)。
1939年9月1日自貢建市，將榮縣所轄貢井鎮(zhèn)、艾葉鄉(xiāng)、敦睦鄉(xiāng)（今建設(shè)鎮(zhèn)），富順縣所轄上坵鎮(zhèn)（1942年更名為筱溪鎮(zhèn)）劃歸自貢市。
貢井地區(qū)為三（筱溪鎮(zhèn)）、四（貢井鎮(zhèn)）、五（艾葉鄉(xiāng)、敦睦鄉(xiāng)）區(qū)。
1950年2月三、四區(qū)合并為二區(qū)，五區(qū)未變。
1953年1月二區(qū)改稱貢井區(qū)、五區(qū)改稱自貢市人民政府第二區(qū)公所。
同年6月第二區(qū)公所撤銷，城市部分劃歸貢井區(qū)，轄貢井街、筱溪街、艾葉街、長土街道辦事處。
農(nóng)村部分劃歸郊區(qū)管轄。
1960年11月由郊區(qū)所屬的艾葉、建設(shè)、雙塘、榮邊人民公社先后劃歸貢井區(qū)管轄。
1982年改人民公社為鄉(xiāng)。
1995年撤雙塘鄉(xiāng)、長土街道辦事處，建長土鎮(zhèn)，撤艾葉鄉(xiāng)、艾葉街道辦事處，建艾葉鎮(zhèn)，撤榮邊鄉(xiāng)和建設(shè)鄉(xiāng)，分別建榮邊鎮(zhèn)和建設(shè)鎮(zhèn)。
2005年5月，自貢市行政區(qū)劃調(diào)整，將榮縣所轄成佳、白廟、龍?zhí)丁蝾^、五寶、蓮花、章佳、牛尾8鄉(xiāng)鎮(zhèn)劃歸貢井區(qū)管轄，同時將貢井區(qū)所轄榮邊鎮(zhèn)劃歸自流井區(qū)管轄，名稱沿用至今。
2018年11月15日，進行自貢市區(qū)劃微調(diào)，將貢井區(qū)長土鎮(zhèn)石溝村所轄行政區(qū)域劃歸大安區(qū)管轄。
將貢井區(qū)長土鎮(zhèn)石溝村1、12組所轄S305線以北和貢舒路以東行政區(qū)劃劃歸自流井區(qū)管轄。