巴中市的前身是縣、州、郡。
縣建于東漢和帝永元三年（公元91年），時稱漢昌縣，治今巴州鎮(zhèn)，屬益州巴郡。
建安六年（公元201年）改屬益州巴西郡，治今閬中。
建安十八年（213）置巴西郡于漢昌縣，治今巴州鎮(zhèn)；二十三年（218）巴西郡還治閬中，漢昌縣屬宕梁郡。
西晉泰始三年（267），縣屬梁州（治今江口鎮(zhèn)）。
建武元年（304）改漢昌為漢興；東晉安帝（397-418）時復(fù)名漢昌，仍屬梁州巴西郡。
南北朝宋末，漢昌縣僑置于今蒼溪、江油縣；蕭齊（479-501）時，復(fù)置漢昌縣。
北魏505年于漢昌地置大谷郡，治今巴州鎮(zhèn)；514年于大谷郡北（今江北鄉(xiāng)江北村）置巴州。
蕭梁天藍(lán)四年（505）至十六年（517）亦置巴州于今巴州老城，與北魏對峙。
535年，蕭梁統(tǒng)一了兩個巴州，設(shè)8郡（大谷、其章、歸化、義陽、遂寧、哀戒、北水、木門郡），領(lǐng)10縣（漢昌、符陽、曾口、義陽、平川、始寧、其章、難江、伏強(qiáng)、池川）1鎮(zhèn)（今儀隴縣金城鎮(zhèn)）。
梁大同元年（535）十月至承圣三年（554），巴州領(lǐng)郡13、縣19。
西魏恭帝元年（554）至魏滅，領(lǐng)郡10、縣15。
北周大象二年（580）巴州屬利州總管府，領(lǐng)郡9、縣14。
隨開皇三年（583）改郡為州，實(shí)行州、縣二級地方制；大業(yè)三年（607）效秦制，改州為郡，實(shí)行地方郡、縣二級制。
隋初，巴州郡領(lǐng)化成、曾口、清化、盤道、歸仁、始寧、其章、恩陽、永穆9縣。
大業(yè)三年（607）改巴州郡為清化郡，屬梁州，領(lǐng)縣14，郡治今化成。
唐武德二年（619）改郡為州，巴州領(lǐng)縣7，屬山南道。
開元二十一年（733）屬山南西道；開元（713-741）時，巴州領(lǐng)縣10（化成、盤道、清化、曾口、歸仁、始寧、其章、恩陽、大牟、七盤）郡治化成。
唐代宗永泰元年（765）至五代末，巴州領(lǐng)縣9。
北宋（960-1126）地方建置，州分上、中、下軍。
巴州（中等，軍事）屬利州路（治興元府，今漢中市）領(lǐng)縣5：化成、難江、恩陽、曾口、通江。
南宋（1127-1278），巴州仍屬利州路，時分時合，多屬利州東路，巴州領(lǐng)縣6（通江分設(shè)大通江，小通江2縣）。
元代，省下分置路、府、州、縣，巴州屬四川省廣元路、領(lǐng)縣3：化成、曾口、通江。
明初，巴州仍置，省曾口縣；明洪武九年（1376）又省化成縣，旋改巴州為巴縣，隸屬保寧府。
明正德九年（1514）復(fù)為巴州，領(lǐng)縣2：通江、南江。
清乾隆元年（1736），四川省設(shè)5道，巴州屬川北道保寧府（治閬中），不轄縣，設(shè)江口分州于今平昌縣江口鎮(zhèn)。
民國元年（1912），地方建置設(shè)省、府、縣（州、廳）三級制，巴州屬四川軍政府保寧府。
民國2年，改巴州為巴中縣，并設(shè)江口分縣署，屬川北道（治閬中）；民國3年改屬嘉陵道（治今南充）。
川陜蘇區(qū)時期（1932.12-1935.3），巴中境內(nèi)設(shè)川北道蘇維埃、巴中特別市、巴中縣、江口縣、長勝縣、恩陽縣蘇維埃。
民國24年（1935），國民政府統(tǒng)一川政，劃四川為18個行政督察區(qū)，巴中縣屬第十五行政督察區(qū)（駐今達(dá)州市）。
民國35年（1946）9月1日，以巴中縣第三區(qū)治江口鎮(zhèn)為局址的平昌設(shè)治局正式成立，分治原巴中縣及達(dá)縣、通江部分地域。
1949年12月22日，成立巴中縣解放委員會；1950年1月19日，巴中縣人民政府成立，屬西南區(qū)川北行政區(qū)達(dá)縣專區(qū)；1952年屬達(dá)縣專區(qū)；1953年9月屬達(dá)縣地區(qū)。
1993年7月成立巴中地區(qū)，改巴中縣為巴中市，隸屬巴中地區(qū)。
2000年6月14日，國務(wù)院批準(zhǔn)撤銷巴中地區(qū)和縣級巴中市，設(shè)立地級巴中市。
原縣級巴中市改為縣級區(qū)，稱巴州區(qū)，治所仍是巴州鎮(zhèn)，沿用至今。