薛店鎮(zhèn)歷史上曾屬北垣。
1943年，北垣西部劃歸稷麓二區(qū)。
1947年屬五區(qū)政府。
1948年10月，北垣劃歸聞喜。
1949年10月，五區(qū)屬現(xiàn)畖底鎮(zhèn)、薛店鎮(zhèn)、陽(yáng)隅鄉(xiāng)，稱(chēng)為北垣四十八個(gè)村。
1949年為五區(qū)人民政府薛店行政村。
1953年，分屬五區(qū)郝北、豐樂(lè)莊鄉(xiāng)。
1954年，北垣八個(gè)鄉(xiāng)合并為畖底、薛店兩個(gè)鄉(xiāng)。
1958年，屬北垣公社。
1961年，北垣公社劃分為畖底、陽(yáng)隅、薛店三個(gè)公社，為薛店公社。
1984年，根據(jù)省政府（84）晉政函79號(hào)文批準(zhǔn)設(shè)立薛店鎮(zhèn)。