1949年屬太原第二專署（晉源）下轄的一個自然村；1951年屬第六區(qū)（晉源）下轄的一個自然村；1954年屬晉源區(qū)晉源鎮(zhèn)下轄的一個農(nóng)業(yè)社；1957年屬太原市郊區(qū)晉源鎮(zhèn)下轄的一個農(nóng)業(yè)社；1959年屬太原市河西區(qū)晉源人民公社下轄的一個生產(chǎn)大隊；1971年屬南郊區(qū)晉源人民公社下轄的一個生產(chǎn)大隊；1984年屬南郊區(qū)晉源鎮(zhèn)下轄的一個村民委員會，1997年設(shè)晉源區(qū)，2001年撤銷晉源鎮(zhèn)，設(shè)立晉源街道辦事處。
南瓦窯村村民委員會屬于晉源區(qū)晉源街道，一直沿用至今。