清嘉慶七年（1802年），設定遠廳西鄉(xiāng)歸仁里三元黎壩地。
民國三年（1914年），設鎮(zhèn)巴縣西區(qū)三元黎壩村。
民國二十二年（1933年）3月，紅四方面軍建立了聞家坪鄉(xiāng)蘇維埃政府。
民國二十五年（1936年），設三黎聯(lián)保4、5保。
民國二十九年（1940年），設三元鄉(xiāng)4、5、6保。
1950年，設三元區(qū)三元壩鄉(xiāng)。
1958年，設三元壩管理區(qū)。
1961年，成立三元公社。
1966年12月，更名永紅公社。
1971年2月，仍復名三元公社。
1984年5月，改設三元鄉(xiāng)。
1985年11月，改設三元鎮(zhèn)。
1996年5月，將伍家鄉(xiāng)并入三元鎮(zhèn)。
2001年12月，將紅魚鄉(xiāng)、涼橋鄉(xiāng)并入三元鎮(zhèn)。