1942年8月屬吳旗縣吳旗鎮(zhèn)鄉(xiāng)；1949年10月屬于志丹縣吳旗鎮(zhèn)鄉(xiāng)；1950年4月屬吳旗縣吳旗鎮(zhèn)鄉(xiāng)；1956年3月屬吳旗縣吳旗鎮(zhèn)鄉(xiāng)；1958年11月成立吳旗鎮(zhèn)人民公社南溝生產(chǎn)大隊；1961年9月屬吳旗縣城關(guān)人民公社；1981年5月17日，隸屬吳旗鎮(zhèn)；1984年政社分設(shè)更名為南溝行政村，1988年更名為南溝村民委員會。
2005年隸屬吳起鎮(zhèn)。
根據(jù)陜民發(fā)〔2014〕53號文件撤銷湫溝村，并入南溝村，村委會駐地南溝。
2014年經(jīng)過鎮(zhèn)村綜合改革，隸屬于吳起街道至今。