夏商屬雍州。
殷商晚期，為北方部族鬼方領(lǐng)地。
春秋為白狄族居地。
秦漢屬上郡膚施、陽(yáng)周2縣。
北魏太和十一年（487）設(shè)朔方縣，屬東夏州朔方郡。
隋先后分屬雕陰郡綏德、城平、延福縣。
西魏大統(tǒng)初于今縣西北折家坪附近設(shè)綏德郡，大統(tǒng)十二年（546）置綏德縣為郡置。
隋開皇三年（583）郡廢，隋末縣廢。
唐武德元年（618）分屬并州道綏州城平、延福；貞觀九年（635）置渾州、寬州，后合并設(shè)為寬州。
北宋初屬陜西路、永興軍路城平縣。
康定元年（1040）筑土城，宋仁宗賜名青澗，元豐七年（1084）設(shè)青澗城，屬永興路綏德軍。
金大定二十二年（1182）青澗城升為青澗縣，隸鄜延路綏德州。
蒙古至元四年（1267）懷寧縣并入青澗。
元屬延安路綏德州。
明洪武四年（1371）改為清澗縣，屬延綏鎮(zhèn)榆林道；崇禎十六年（1643）改為天波府。
清順治二年（1645）復(fù)稱清澗縣。
雍正三年（1725）綏德州升為直隸州，清澗縣屬直隸州。
1913年屬陜西省榆林道。
1926年廢道，為省直轄縣。
1936年1月建立陜北省清澗縣蘇維埃政府。
1940年成立清澗縣人民政府，屬綏德分區(qū)。
1949年5月，隸屬陜北行署綏德分區(qū)。
1950年1月，屬陜西省綏德分區(qū)所轄。
1956年10月隸榆林專區(qū)。
1958年12月，并入綏德縣，1959年3月，清澗成為中心鄉(xiāng)，仍隸榆林專區(qū)綏德縣。
1961年，恢復(fù)清澗縣，屬榆林地區(qū)行政公署管轄。
2000年，榆林地區(qū)改為榆林市，清澗縣屬榆林市轄縣。
2001年，撤銷寨溝鄉(xiāng)，并入解家溝鎮(zhèn)，撤銷東拉河鄉(xiāng)，并入李家塔鎮(zhèn)。
轄石嘴驛、折家坪、解家溝、店則溝、高杰村、李家塔、玉家河、師家園則8鎮(zhèn)，郝家墕、樂(lè)堂堡、下二十里鋪、雙廟河、老舍窠、二郎山、石盤7鄉(xiāng)和秀延街道辦事處。
2011年7月7日，二郎山鄉(xiāng)并入解家溝鎮(zhèn)，郝家墕鄉(xiāng)并入石咀驛鎮(zhèn)，樂(lè)堂堡鄉(xiāng)并入寬州鎮(zhèn)，撤銷秀延街道辦事處。
轄石嘴驛、折家坪、解家溝、店則溝、高杰村、李家塔、玉家河、師家園則8鎮(zhèn)，下二十里鋪、雙廟河、老舍窠、石盤4鄉(xiāng)，有639個(gè)村民委員會(huì)和4個(gè)居民委員會(huì)。