該村漢代隸屬底店亭，唐代時(shí)歸底店里管轄，宋代設(shè)底店鄉(xiāng)（足500戶(hù)以上），元代仍為底店里；明代歸永平底店里管轄，清代底店村是彬州5鄉(xiāng)9里221村之一；民國(guó)二十二年1933年，改鄉(xiāng)、里為聯(lián)保保甲制；民國(guó)二十九年1940，撤聯(lián)保，實(shí)行鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲制，底店保又是全縣11鄉(xiāng)鎮(zhèn)67保之一；1949年7月24日，彬縣人民政府成立仍為區(qū)，鄉(xiāng)建制；1958年8月，設(shè)立底店人民公社，村名對(duì)應(yīng)為底店生產(chǎn)大隊(duì)；1984年5月，政社分設(shè)，恢復(fù)鄉(xiāng)、鎮(zhèn)建制，恢復(fù)村名為底店村；2014年由水口鎮(zhèn)管轄，成立底店村村民委員會(huì)。