以南宋乾道八年（1172）內(nèi)捍海塘修筑為標(biāo)志，祝橋鎮(zhèn)境域漸次成陸，百姓逐漸移居，祝橋地區(qū)隸屬松江府上�？h。
明隆慶二年（1568），松江府清丈土地，分團(tuán)編甲，造業(yè)戶魚鱗冊(cè)，今祝橋地區(qū)始有五團(tuán)之名，當(dāng)時(shí)的祝橋境域隸于下砂鹽場(chǎng)，僅有團(tuán)灶機(jī)構(gòu)而無(wú)行政建置。
民國(guó)23年（1934），南匯縣合并區(qū)治，原五團(tuán)鄉(xiāng)境域隸屬于南匯縣第二區(qū)。
至1936年，祝橋集鎮(zhèn)市場(chǎng)繁榮，成為南匯縣第五大鎮(zhèn)。
民國(guó)36年（1947）春，恢復(fù)五團(tuán)鄉(xiāng)建置。
1949年5月五團(tuán)鄉(xiāng)（祝橋地區(qū)）解放，成立蘇南行政公署松江專區(qū)南匯縣人民政府，祝橋、鹽倉(cāng)、東海地區(qū)隸屬祝橋區(qū)管轄。
1958年9月成立東方紅人民公社，祝橋、鹽倉(cāng)、東海地區(qū)屬東方紅人民公社。
1962年3月從鹽倉(cāng)人民公社劃出10個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)、祝橋人民公社劃出3個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)，成立東海人民公社。
1984年2月實(shí)行政社分設(shè)，建立祝橋鄉(xiāng)、鹽倉(cāng)鄉(xiāng)、東海鄉(xiāng)。
1994年9月，撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，改名祝橋鎮(zhèn)，實(shí)現(xiàn)鎮(zhèn)管村體制。
2003年撤銷原祝橋鎮(zhèn)、鹽倉(cāng)鎮(zhèn)、東海鎮(zhèn)建制，建立新的祝橋鎮(zhèn)。
2006年12月朝陽(yáng)農(nóng)場(chǎng)并入祝橋鎮(zhèn)。
2011年施灣、江鎮(zhèn)社區(qū)從川沙新鎮(zhèn)劃歸祝橋鎮(zhèn)。