現(xiàn)李村鎮(zhèn)是由原李村鎮(zhèn)和李莊集鎮(zhèn)合并而來。
原李村鎮(zhèn),民國初年屬菏澤縣臨河區(qū)，1932年搞實(shí)驗(yàn)縣時(shí)，改區(qū)為鄉(xiāng)。
1942年秋至1949年8月，屬南華縣臨河區(qū)。
1949年8月南華縣撤銷后，分別歸屬菏澤縣第六區(qū)（呂陵）和第八區(qū)（李莊集），下設(shè)行鎮(zhèn)村。
1952年春撤銷行政村，區(qū)下設(shè)鄉(xiāng)，境內(nèi)有找李、大郭店、李村、油樓、任拐、魏樓六個(gè)鄉(xiāng)。
1957年12月撤區(qū)并鄉(xiāng)，分別屬李村和高莊兩個(gè)鄉(xiāng)。
1958年9月由李村、高莊兩個(gè)鄉(xiāng)合并成立了臨黃人民公社，1959年1月改名高莊人民公社。
1963年3月從高莊公社劃出45個(gè)自然村成立了李村人民公社，1983年12月17日改社建鄉(xiāng)時(shí)，改建為李村鎮(zhèn)，生產(chǎn)大隊(duì)改建為村民委員會(huì)。
2001年3月原李村鎮(zhèn)和原李莊鎮(zhèn)整建制合并為李村鎮(zhèn)，歸菏澤市牡丹區(qū)所轄。
原李莊集鎮(zhèn)，民國初年屬菏澤縣臨河區(qū)，1942年秋至1949年8月,屬南華縣臨河區(qū).1949年8月南華縣撤銷后建國后，為菏澤縣第八區(qū)，下設(shè)行鎮(zhèn)村。
1957年12月撤區(qū)并鄉(xiāng)，分別屬李村和高莊兩個(gè)鄉(xiāng)。
1958年9月屬由李村、高莊兩個(gè)鄉(xiāng)合并成立的臨黃人民公社，1959年1月屬高莊人民公社。
1983年12月17日改社建鄉(xiāng)時(shí)，改建為李村鎮(zhèn)，生產(chǎn)大隊(duì)改建為村民委員會(huì)。
2001年3月原李村鎮(zhèn)和原李莊鎮(zhèn)整建制合并為李村鎮(zhèn)，歸菏澤市牡丹區(qū)所轄。