民國(guó)三年（1914年）5月，山東省劃為4道。
今境屬濟(jì)寧道的有菏澤、曹縣、定陶、單縣、成武、鄆城、巨野、汶上（部分屬今梁山縣）；屬東臨道的有壽張（今梁山縣境）、濮縣（今鄄城縣境）；屬直隸省大名道的有東明。
民國(guó)十四年（1925年），山東省督辦兼省長(zhǎng)張宗昌將全省4道增為11道。
曹濮道（治菏澤）轄8縣，全在今境內(nèi)，即菏澤、曹縣、定陶、單縣、成武、巨野、鄆城、濮縣（鄄城）；東明縣當(dāng)時(shí)仍屬大名道；梁山縣境屬壽張與汶上縣，屬濟(jì)寧道。
民國(guó)十七年（1928年），南京國(guó)民政府廢道制，各縣直屬省。
民國(guó)二十年（1931年），鄄城縣與濮縣分治，黃河北岸境域?qū)馘Эh，南岸境域?qū)氽渤恰?/p>
民國(guó)二十四年（1935年）1月，劃菏澤、濟(jì)寧等14縣為鄉(xiāng)村建設(shè)實(shí)驗(yàn)區(qū)，即山東省第一區(qū)，專署駐濟(jì)寧。
民國(guó)二十四年（1935年）4月，改稱山東省實(shí)驗(yàn)區(qū)。
民國(guó)二十四年（1935年）6月，再改山東省縣政建設(shè)試驗(yàn)區(qū)。
民國(guó)二十五年（1936年），又并入濮縣。
民國(guó)二十六年（1937年），山東省先后共建立7個(gè)區(qū)。
第二區(qū)轄9個(gè)縣，其中有今境內(nèi)的菏澤、曹縣、定陶、單縣、成武、巨野、鄆城、鄄城等8縣，專署駐菏澤。
東明縣當(dāng)時(shí)屬河北省第十七區(qū)，今梁山縣境屬山東省第六、一區(qū)的壽張和汶上縣。
民國(guó)二十七年（1938年），山東省改劃為17個(gè)區(qū)，當(dāng)時(shí)屬境內(nèi)第十六區(qū)的縣有菏澤、定陶、濮縣；屬第十一區(qū)的縣有曹縣、單縣、成武；屬第二區(qū)的縣有巨野、鄆城、壽張、汶上；東明縣屬河北省第十七區(qū)。
自民國(guó)二十七年（1938年）夏至民國(guó)三十四年（1945年）8月抗日戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束，境內(nèi)建立了由中國(guó)共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的3個(gè)抗日專區(qū)，即冀魯豫第八、第十、第十一專區(qū)。
在解放戰(zhàn)爭(zhēng)中，境域區(qū)劃如下：民國(guó)三十五年（1946年）2月，區(qū)劃有所調(diào)整，原冀魯豫第八專區(qū)改為冀魯豫第二專區(qū)。
經(jīng)過(guò)調(diào)整于年底轄6縣，境內(nèi)有鄆城、鄆北、鄆巨、臨澤、鄄城5縣。
至1948年2月，南華縣由五專區(qū)劃入，11月臨澤縣改稱菏澤縣，年底該專區(qū)共轄6縣：菏澤、鄆巨、鄆城、鄆北、鄄城、南華，全在境內(nèi)。
民國(guó)三十五年（1946年）2月，原冀魯豫第十一專區(qū)改為第三專區(qū)。
年底，該專區(qū)共轄11縣，境內(nèi)有單縣、單虞、成武、巨南4縣。
民國(guó)三十五年（1946年）2月，原冀魯豫第十專區(qū)改為第五專區(qū)。
年底，該專區(qū)共轄10縣，境內(nèi)有東明、東垣、齊濱、曹縣、復(fù)程、菏澤、定陶、南華8縣。
民國(guó)三十七年（1948年）3月，南華縣由五專區(qū)劃歸二專區(qū)。
民國(guó)三十七年（1948年）11月，菏澤縣改稱安陵縣。
民國(guó)三十七年（1948年）年底，該專區(qū)共轄8縣，境內(nèi)有東明、齊濱、曹縣、復(fù)程、安陵、定陶6縣。
民國(guó)三十五年（1946年）1月，新建冀魯豫第七專區(qū)，將原八專區(qū)所轄的南旺、昆山，原十一專區(qū)所轄的巨野、嘉祥、濟(jì)寧和一專區(qū)所轄的寧陽(yáng)劃歸七專區(qū)。
經(jīng)過(guò)幾次調(diào)整，年底該專區(qū)共轄8縣1市。
民國(guó)三十七年（1948年）底，該專區(qū)共轄5縣，境內(nèi)有南旺、昆山、巨野3縣。
民國(guó)三十八年（1949年）8月，平原省成立，區(qū)劃作了較大調(diào)整，撤銷了冀魯豫第二、三、五、七4個(gè)專區(qū)，建立菏澤專區(qū)和湖西專區(qū)，隸屬平原省。
調(diào)整后的菏澤專區(qū)轄8縣，即菏澤、定陶、曹縣、東明、鄄城、鄆城、梁山、南旺。
除南旺部分地域外，均在今境內(nèi)。
湖西專區(qū)轄7縣，境內(nèi)有單縣、復(fù)程、成武、巨野。
中華人民共和國(guó)1952年11月，平原省撤銷，菏澤、湖西專區(qū)歸屬山東省。
東明縣劃歸河南省鄭州專區(qū)。
1953年8月20日，湖西專區(qū)撤銷，單縣、復(fù)程、成武、巨野劃歸菏澤專區(qū)，嘉祥、金鄉(xiāng)、魚臺(tái)劃歸濟(jì)寧專區(qū)，同時(shí)撤銷南旺縣，析入梁山和嘉祥縣。
至1953年底，菏澤專區(qū)共轄10縣：菏澤、鄄城、鄆城、梁山、巨野、成武、定陶、曹縣、單縣、復(fù)程，菏澤市的區(qū)域基本形成。
1956年3月6日，撤銷復(fù)程縣，析入曹縣和單縣。
1958年12月，撤銷定陶縣，析入成武和菏澤縣；同時(shí)撤銷菏澤專區(qū)，其所轄菏澤、鄄城、鄆城、梁山、巨野、成武、曹縣、單縣等8縣劃歸濟(jì)寧專區(qū)。
1959年9月，菏澤專區(qū)恢復(fù)，仍領(lǐng)原8縣。
1960年10月，改菏澤縣為菏澤市，同時(shí)將濟(jì)南市的平陰縣劃歸菏澤專區(qū)。
1961年3月，平陰縣劃歸泰安專區(qū)。
1961年10月，恢復(fù)定陶縣。
1963年3月16日，改菏澤市為菏澤縣。
1963年4月，東明縣由河南省開封專區(qū)劃歸菏澤專區(qū)。
1963年底，菏澤專區(qū)共轄10縣：菏澤、曹縣、定陶、成武、單縣、巨野、梁山、鄆城、鄄城、東明。
1989年12月22日，梁山縣劃歸濟(jì)寧市。
2008年12月，菏澤市下轄8縣1區(qū)，158處鄉(xiāng)鎮(zhèn)，行政村、社區(qū)6106個(gè)，自然村13478個(gè)。
2016年4月29日，撤銷定陶縣，設(shè)立菏澤市定陶區(qū)[98]，定陶區(qū)正式掛牌成立。
[97]截至2018年末，菏澤市轄牡丹區(qū)、定陶區(qū)、曹縣、成武、單縣、巨野、鄆城、鄄城、東明2區(qū)7縣（4月29日，定陶縣正式撤縣設(shè)立定陶區(qū)）1個(gè)省級(jí)經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)，1個(gè)高新技術(shù)開發(fā)區(qū)，168個(gè)鄉(xiāng)、鎮(zhèn)、街道（鄉(xiāng)10個(gè)，鎮(zhèn)124個(gè)，32個(gè)街道辦事處），6019個(gè)村（社區(qū)）。