元代時期,境域屬沙門社。
清道光年間(1821年—1850年),長島設13社,大黑山島設北莊社和南莊社,小黑山島設小黑山島社,時北莊社轄北莊、土島2村,南莊社轄南莊、船旺、西濠、大濠、小濠5村,小黑山社轄小黑山村。
民國二十三年(1934年),改設北莊鄉(xiāng)和南莊鄉(xiāng)。
民國三十四年(1945年),隸屬廟島區(qū)。
民國三十五年(1946年),設黑山區(qū)。
民國三十七年(1948年),改設黑山鄉(xiāng),區(qū)劃不變。
1949年后,仍設黑山鄉(xiāng)。
1958年11月,長島縣并入蓬萊縣,為長島公社黑山大隊。
1963年6月,復置長島縣,改設黑山公社。
1984年,撤銷黑山公社,設立黑山鄉(xiāng)。
1985年,撤銷黑山鄉(xiāng),分別設立大黑山鄉(xiāng)和小黑山鄉(xiāng)。
2000年12月,小黑山鄉(xiāng)并入大黑山鄉(xiāng),設立黑山區(qū)公所。
2003年2月,撤黑山區(qū)公所,設立黑山鄉(xiāng)。