古屬羌地。
西晉末為吐谷渾屬地。
隋大業(yè)五年(609)，屬赤水縣，隸河源郡。
唐龍朔三年(663)，入吐蕃。
宋初為吐蕃地方政權(quán)唃廝啰轄地。
元代屬吐蕃等處宣慰司。
明洪武六年(1373)，屬朵甘衛(wèi)積石州千戶和歸德守御千戶所轄。
洪武七年，屬朵甘行都指揮使司積石州千戶和歸德守御千戶所。
崇禎十年(1637)，為衛(wèi)拉特蒙古和碩特部顧實汗轄區(qū)。
清雍正三年(1725)，今縣西南部為和碩特南右中旗駐牧地，東北部主要為藏族部落駐牧地。
雍正四年，后藏族駐牧區(qū)由河州同知管轄。
乾隆二十七年(1762)，今縣東北部為循化廳地，隸蘭州府。
五十六年(1791)，改隸于欽差辦理青海蒙古番子事務(wù)大臣和循化廳。
1913年，屬西寧道循化縣。
1929年，屬青海省同仁縣地。
1940年，今同仁、澤庫兩縣的大部分地區(qū)，隸屬青海省第七督察專員公署。
1953年，由同仁縣析置澤庫縣，治溑乃亥，屬黃南藏族自治區(qū)。
1955年，屬黃南藏族自治州。