明嘉靖十六年（1537），三邊總制尚書劉天和棄內邊不守，沿紅柳溝至鳴沙另筑長城(實為塹墻)一百零八里五分，同時在今紅寺堡鎮(zhèn)團結村筑新紅寺堡。
嘉靖四十年（1561）毀于地震，但紅寺堡地名留存至當代。
1999年1月，中共紅寺堡開發(fā)區(qū)工委正式掛牌成立。
2002年10月，紅寺堡開發(fā)區(qū)劃歸吳忠市。
2005年，將原來的94個行政村合并為42個。
2009年9月，經國務院批準設立紅寺堡區(qū)，以吳忠市紅寺堡鎮(zhèn)、太陽山鎮(zhèn)、大河鄉(xiāng)、南川鄉(xiāng)的行政區(qū)域為紅寺堡區(qū)的行政區(qū)域，區(qū)人民政府駐紅寺堡鎮(zhèn)，屬吳忠市。