鄂倫春自治旗境域最早見(jiàn)諸史籍的是東胡之地。
公元前209年匈奴戰(zhàn)敗東胡并占據(jù)其地。
漢，為拓跋鮮卑所居。
魏至隋唐，為室韋地。
遼，屬上京道東北路招討司轄。
金，為蒲與路轄地。
元，為遼陽(yáng)行省山北遼東道轄。
明，屬奴爾干都指揮使司轄。
清太祖天命、天聰年間（1616~1636年），居住在黑龍江中上游的索倫部（清初對(duì)鄂倫春、鄂溫克、達(dá)斡爾等族的總稱(chēng)）陸續(xù)歸附清朝納貢。
順治年間（1644~1661年），沙俄入侵黑龍江以北廣大地區(qū)，清政府無(wú)力顧及邊防，便將居住在黑龍江北岸的鄂倫春、鄂溫克、達(dá)斡爾等族遷移到黑龍江南岸居住，鄂倫春人絕大多數(shù)被遷到大興安嶺東坡嫩江支流的多布庫(kù)爾河、甘河、諾敏河、那都里河、托河等河流兩岸的原始森林中游獵，由理藩院直接管轄。
康熙二十二年（1683年），設(shè)置黑龍江將軍，鄂倫春族歸黑龍江將軍管轄。
康熙三十年（1691年），組建布特哈八旗，將鄂倫春族獵民正式編入八旗。
同治十年（1871年），將鄂倫春人按居住的河流，分五路八佐進(jìn)行統(tǒng)治，但仍受布特哈總管衙門(mén)的“安達(dá)”管轄。
光緒八年（1882年），撤布特哈總管衙門(mén)，于大興安嶺上太平灣，建立興安城總管衙門(mén)，設(shè)副都統(tǒng)銜總管統(tǒng)轄，并設(shè)一批鄂倫春副總管、佐領(lǐng)、驍騎校等官員。
1911年，廢止八旗組織，將原庫(kù)瑪爾路、畢拉爾路、阿力路、多布庫(kù)爾路劃歸黑龍江省督辦公署旗務(wù)科管轄；托河路仍由呼倫貝爾副都統(tǒng)衙門(mén)管轄。
1932年，日本侵占中國(guó)東北，建立偽滿(mǎn)洲國(guó)。
6月，在原托河一帶建立鄂倫春旗，在今莫力達(dá)瓦達(dá)斡爾族自治旗的額爾和建立巴彥旗，管轄今鄂倫春自治旗大部分地域。
1933年，偽滿(mǎn)洲國(guó)裁撤鄂倫春旗。
1937年，今鄂倫春自治旗境內(nèi)的行政權(quán)由日本特務(wù)機(jī)關(guān)直接執(zhí)掌。
1945年8月，呼倫貝爾地區(qū)上層人物于10月在海拉爾成立呼倫貝爾自治省政府。
1946年3月，改稱(chēng)呼倫貝爾臨時(shí)地方自治政府，任命托河路的新君為鄂倫春旗旗長(zhǎng)，管轄原托河路地域行政事宜，但因鄂倫春獵民居住分散等原因，未能行使行政權(quán)。
1948年7月，在小二溝地區(qū)成立諾敏努圖克，隸屬莫力達(dá)瓦旗。
甘河、古里河、多布庫(kù)爾河、奎勒河流域成立鄂倫春努圖克，隸屬巴彥旗。
1949年，納文慕仁盟同呼倫貝爾盟合并，稱(chēng)為呼倫貝爾納文慕仁盟，同時(shí)將巴彥旗和莫力達(dá)瓦旗合并，稱(chēng)莫力達(dá)瓦旗，諾敏和鄂倫春努圖克隸屬于莫力達(dá)瓦旗。
1950年，鄂倫春努圖克改稱(chēng)甘奎努圖克。
同年，在原托河路地域建立托扎敏努圖克，隸屬喜桂圖旗。
1951年，合并鄂倫春3個(gè)努圖克成立鄂倫春旗，歸呼納盟管轄。
1954年，興安盟歸入呼納盟，稱(chēng)呼倫貝爾盟，鄂倫春自治旗歸呼倫貝爾盟管轄。
1969年，鄂倫春自治旗劃歸黑龍江省大興安嶺地區(qū)管轄。
1979年，鄂倫春自治旗重新劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)呼倫貝爾盟。
2001年10月10日，撤銷(xiāo)呼倫貝爾盟，設(shè)立地級(jí)呼倫貝爾市，鄂倫春自治旗隸屬呼倫貝爾市。