西漢時期，今阿巴嘎旗境東西分屬匈奴和烏桓。
東漢時期，屬鮮卑。
三國、西晉時期，屬鮮卑統(tǒng)轄地。
東晉太和元年（366年），今旗境屬代統(tǒng)治區(qū)。
前秦建元十八年（382年），屬前秦政權(quán)統(tǒng)轄區(qū)。
魏登國十年（395年），屬魏統(tǒng)轄區(qū)。
南北朝北魏時期，今旗境新浩特鎮(zhèn)南部屬懷荒鎮(zhèn)和御夷鎮(zhèn)鎮(zhèn)戍地區(qū)，新浩特鎮(zhèn)以北地區(qū)屬柔然轄區(qū)。
東魏武定四年（546年），今旗境屬柔然政權(quán)統(tǒng)轄。
北齊、北周時期，今旗境屬突厥政權(quán)統(tǒng)轄。
隋朝時期，屬突厥轄區(qū)。
唐總章二年（669年），今旗境屬定襄都督府，隸屬單于都護(hù)府。
唐開元二十九年（741年），今旗境屬突厥政權(quán)統(tǒng)轄。
五代十國時期，今旗境屬契丹遼統(tǒng)轄區(qū)。
遼朝時期，今旗境北部為上京道黑車子室韋地，南部屬倒塌嶺節(jié)度使司轄區(qū)。
金朝時期，屬西京路北境。
元朝時期，今旗境北部屬嶺北行省和寧路，設(shè)有闊斡禿站（今旗吉爾嘎郎圖蘇木），南部屬上都路轄區(qū)。
明朝時期，為察哈爾萬戶地。
蒙古族塔爾尼庫同率部在此游牧，其部稱阿巴嘎。
清崇德六年（1641年），設(shè)阿巴嘎右翼旗建制，轄境相當(dāng)于今阿巴嘎旗西部地區(qū)。
清順治八年（1651年），設(shè)阿巴嘎左翼旗建制，轄境包括今阿巴嘎旗東北部和錫林浩特市西部地區(qū)。
兩旗均設(shè)札薩克，分別管理旗務(wù)，隸屬錫林郭勒盟。
清康熙六年（1667年），設(shè)阿巴哈納爾右翼旗制，轄境相當(dāng)于今阿巴嘎旗東部的狹長地帶，設(shè)札薩克管理旗務(wù)，隸屬錫林郭勒盟。
民國三年（1914年），成立察哈爾特別行政區(qū)，阿巴嘎左右旗、阿巴哈納爾右旗歸察哈爾特別行政區(qū)管轄。
民國十七年（1928年），察哈爾特區(qū)改為省。
阿巴嘎左右旗、阿巴哈納爾左右旗均歸察哈爾省管轄。
民國二十六年（1937年），“七·七”事變，為偽蒙疆政府轄境。
民國三十五年（1946年）春，中國共產(chǎn)黨在錫林郭勒盟地區(qū)開辟工作。
內(nèi)蒙古自治運動聯(lián)合會轉(zhuǎn)移到貝子廟（今錫林浩特市），錫林郭勒盟分會和政府組織工作隊在阿巴嘎左右旗、阿巴哈納爾左右旗改造舊政權(quán)，建立民主政權(quán)，隸屬錫林郭勒盟分會管轄。
民國三十六年（1947年），在貝子廟成立中國共產(chǎn)黨錫（錫林郭勒）察（察哈爾）巴（巴彥塔拉）烏（烏蘭察布）工作委員會。
民國三十七年（1948年），成立中部中心旗工作委員會，阿巴哈納爾左旗、阿巴哈納爾右旗、阿巴嘎左旗受中部中心旗工委管轄；阿巴嘎右旗受西部中心旗工委管轄。
1949年春，阿巴嘎右旗、阿巴哈納爾右旗合并為西部聯(lián)合旗；阿巴嘎左旗、阿巴哈納爾左旗、浩齊特右旗合并為中部聯(lián)合旗。
1952年，西部與中部聯(lián)合旗合并為西部聯(lián)合旗，歸錫林郭勒盟管轄。
1956年，西部聯(lián)合旗改稱阿巴嘎旗。
錫林浩特為蘇木級建置，受錫林郭勒盟直接領(lǐng)導(dǎo)。
1959年，將伊勒特公社劃歸錫林浩特管轄。
1963年10月，錫林浩特改設(shè)阿巴哈納爾旗。
同年12月，將阿巴嘎旗阿爾善寶拉格公社劃歸阿巴哈納爾旗管轄。