1956年撤區(qū)并鄉(xiāng)后,屬饒平縣糧田鄉(xiāng)。
1958年設(shè)馬徑大隊,屬三饒公社。
1962年從馬徑大隊拆出,稱芽坑大隊。
1979年改稱芽坑大隊。
1983年撤銷公社建制,稱芽坑鄉(xiāng),屬三饒區(qū)。
1986年稱芽坑村委會,屬三饒鎮(zhèn)。
1990年稱芽坑管理區(qū),屬三饒鎮(zhèn)。
1999年稱芽坑村委會,屬三饒鎮(zhèn),沿用至今。