瓦房店市歷史悠久，早在四五千年前的新石器時(shí)代，境內(nèi)就有人類在這里生息繁衍。
戰(zhàn)國(guó)時(shí)期，屬燕國(guó)遼東郡。
秦朝時(shí)期，屬遼東郡。
西漢時(shí)期，置文縣，屬幽州遼東郡。
東漢時(shí)期，改為汶縣，屬魏國(guó)平州遼東郡。
兩晉、前燕、前秦、后燕時(shí)期，屬平州遼東郡。
東晉元興三年（404年），境內(nèi)設(shè)得利贏城（今得利寺鎮(zhèn)龍?zhí)渡剑瑢龠|東城。
唐總章元年（668年），屬安東都護(hù)府。
遼朝初期，為遷民縣，屬黃龍府，后置扶州，又改為復(fù)州。
遼景福元年（1031年），置復(fù)州懷德軍節(jié)度，轄永寧（后改永康）、德勝（今金州）2縣，屬東京道遼陽(yáng)府。
金明昌四年（1193年），復(fù)州懷德軍節(jié)度使降為刺史，領(lǐng)永康、化成（今金州）2縣和歸勝鎮(zhèn)（今蓋州市歸州），屬東京路遼陽(yáng)府。
元朝初期，廢復(fù)州，并入蓋州。
元至元二十一年（1284年），置金復(fù)州萬(wàn)戶府，駐金州城，屬遼陽(yáng)行省遼陽(yáng)路。
明洪武五年（1372年），仍置復(fù)州。
明洪武十四年（1381年）9月，設(shè)復(fù)州衛(wèi)，領(lǐng)左、右、中、前四千戶所，衛(wèi)與州并存。
明洪武二十八年（1395年）4月，廢州存衛(wèi)，屬遼東都指揮使司。
清順治十八年（1661年），設(shè)復(fù)州巡檢司，屬遼陽(yáng)府海城縣。
清康熙三年（1664年），改屬蓋平縣。
清雍正五年（1727年），分蓋平縣設(shè)復(fù)州通判，轄金、復(fù)2州之境。
清雍正十二年（1734年），升為州，屬奉天府。
民國(guó)二年（1913年），改復(fù)州為復(fù)縣。
民國(guó)十四年（1925年）12月，縣公署由復(fù)州城遷駐瓦房店。
1949年10月1日，復(fù)縣初屬遼東省。
1954年8月1日，遼西與遼東兩省合并為遼寧省，屬遼寧省。
1956年2月8日，屬遼寧省遼陽(yáng)專區(qū)。
1959年1月4日，改屬遼寧省旅大市。
1966年3月16日，改屬遼寧省遼南專區(qū)。
1968年12月26日，撤遼南專區(qū)，復(fù)屬旅大市（1981年2月改稱大連市）。
1985年1月17日，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷復(fù)縣，建瓦房店市（縣級(jí)）。
1985年4月1日，瓦房店市正式成立，為遼寧省所轄的縣級(jí)市，由大連市代管。
2010年4月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，大連長(zhǎng)興島臨港工業(yè)區(qū)升級(jí)為國(guó)家級(jí)經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)，定名為大連長(zhǎng)興島經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)（以下簡(jiǎn)稱大連長(zhǎng)興島經(jīng)濟(jì)區(qū)），實(shí)行現(xiàn)行國(guó)家級(jí)經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)的政策，代管瓦房店市長(zhǎng)興島街道、交流島街道。
2010年4月9日，大連市啟動(dòng)了新市區(qū)管理體制改革，將瓦房店市炮臺(tái)鎮(zhèn)、復(fù)州灣鎮(zhèn)（后均改設(shè)為街道）劃歸普灣新區(qū)管轄。
2013年1月，經(jīng)遼寧省人民政府同意根據(jù)《遼寧省人民政府關(guān)于調(diào)整大連市部分行政區(qū)劃的批復(fù)》（遼政發(fā)〔2012〕169號(hào)）要求將普蘭店市的元臺(tái)鎮(zhèn)、瓦窩鎮(zhèn)正式劃歸瓦房店市管轄。