1949年前屬贛縣贛州鎮(zhèn)、白云鄉(xiāng)、黃金鄉(xiāng)部分轄地。
1950年分屬贛州市白云鄉(xiāng)和贛縣長塘鄉(xiāng)、臘長鄉(xiāng)。
1952年分屬贛州市西外鄉(xiāng)、南外鄉(xiāng)、白云鄉(xiāng)及贛縣長塘鄉(xiāng)、臘長鄉(xiāng)。
1956年6月屬贛州市白云鄉(xiāng)和贛縣黃金鄉(xiāng)。
1958年分屬贛州市躍進公社（章貢鄉(xiāng)）和贛縣紅旗公社。
1959年屬贛州市南外公社（又名南外街道辦事處）和黃金公社（又名黃金鄉(xiāng)）。
1963年屬市南外街道辦事處及南橋公社。
1964年8月屬白云、南橋公社。
1968年屬郊區(qū)公社。
1972年11月撤消郊區(qū)公社，原白云公社所轄大隊并入南橋公社，隨即改稱水南公社。
1984年4月改名水南鄉(xiāng)。
1998年8月5日，撤消水南鄉(xiāng)，設(shè)立水南鎮(zhèn)（贛民字﹝1998﹞126號批復(fù)）。
2020年5月7日，撤銷水南鎮(zhèn)（贛民函〔2020〕16號批復(fù)）分設(shè)水南街道，得名后沿用至今。