明、清時(shí)期屬歸仁鄉(xiāng)。
1911年初屬七區(qū)，后屬姚畈、曹溪兩鄉(xiāng)，又改水巖鄉(xiāng)。
1947年屬大橋鄉(xiāng)。
1950年分屬龍家、姚畈、程橋、洪家等鄉(xiāng)。
1956年并入曹溪鄉(xiāng)。
1957年創(chuàng)建曹溪墾殖場（駐陳屋），1961年墾殖場駐地遷移至通丘畈，更名為三縣嶺墾殖場。
1968年山門嶺墾殖場并入，1980年龍家、姚畈、程橋3大隊(duì)劃入。
1984年三縣嶺墾殖場改鄉(xiāng)建制，仍保留墾殖場牌子。
1985年鄉(xiāng)場分離，設(shè)立三縣嶺鎮(zhèn)鄉(xiāng)（駐通丘畈）。
1992年7月更名姚畈鄉(xiāng)，駐地遷移至姚畈村。
保留三縣嶺墾殖場（鄉(xiāng)場合一）。
1997年8月，三縣嶺墾殖場改制設(shè)立三縣嶺鄉(xiāng)（駐通丘畈），實(shí)行鄉(xiāng)場兩塊牌子、一套人馬。
2001年11月，撤銷姚畈鄉(xiāng)，整建制并入三縣嶺鄉(xiāng)。
2006年1月，撤銷三縣嶺鄉(xiāng)，整建制并入曹溪鎮(zhèn)，保留三縣嶺墾殖場牌子。
2016年9月，在原有墾殖場基礎(chǔ)上增設(shè)鎮(zhèn)政府機(jī)構(gòu)，設(shè)立三縣嶺鎮(zhèn)。
將曹溪鎮(zhèn)的姚畈、陳屋2個(gè)居委會(huì)和龍家、沙灣、程橋、徐門、店上、前畈、瑤上、浪灣、港王等9個(gè)村委會(huì)整建制劃入。