唐武德三年（620），在此首建準(zhǔn)行政機(jī)構(gòu)“呂四場(chǎng)”。
后周顯德五年（958），海門(mén)建縣，域境中、北部屬之。
清康熙十一年（1672），降海門(mén)縣為靜海鄉(xiāng)，并入通州。
乾隆三十三年（1768），劃通州19沙、崇明11沙和新漲的10個(gè)沙，設(shè)置海門(mén)直隸廳，上隸于江蘇布政使司。
今啟東中部地區(qū)，時(shí)為海門(mén)直隸廳的東境。
雍正至光緒初年（1733~1875），長(zhǎng)江口北岸的惠安沙、楊家沙、永豐沙等13個(gè)沙洲陸續(xù)形成并連成一片，因臨近崇明島，稱崇明外沙。
光緒二十三年（1897），崇明縣設(shè)崇海司巡檢署于九龍鎮(zhèn)（后更名為久隆鎮(zhèn)）。
崇明、海門(mén)兩地間開(kāi)挖崇海界河，南為崇明外沙，北屬海門(mén)。
同期，通州、海門(mén)界河也開(kāi)挖完成，以南為海門(mén)，以北為通東（通州東部）。
今啟東分屬三地的格局至此形成。
北部呂四地區(qū)，宋、元、明、清時(shí)屬海門(mén)，1912年到1942年屬南通縣；中部屬于海門(mén)；南部屬崇明，稱為“崇明外沙”。
民國(guó)9年（1920），崇明縣在外沙惠隆鎮(zhèn)（今匯龍鎮(zhèn)）設(shè)行政公署。
民國(guó)17年（1928），省政府決議“崇明外沙應(yīng)即設(shè)縣分治，定名‘啟東’”；中華民國(guó)政府決議“準(zhǔn)予備案”；啟東縣成立，縣治匯龍鎮(zhèn)。
民國(guó)22年（1933），啟東縣隸于江蘇省行政第七區(qū)。
民國(guó)25年（1936）隸于江蘇行政第四區(qū)。
抗日戰(zhàn)爭(zhēng)期間，中共在此建立東南行署。
1946年抗戰(zhàn)勝利后，民國(guó)縣政府隨軍“回鄉(xiāng)”。
1949年，中共解放全境后，另建縣建置，先后屬南通行政區(qū)、南通專區(qū)、南通地區(qū)。
1983年，實(shí)行市管縣體制。
1989年11月13日，國(guó)家民政部批復(fù)江蘇省人民政府（民行批〔1989〕23號(hào)），同意啟東撤縣設(shè)市，1989年12月14日，江蘇省人民政府發(fā)出《關(guān)于設(shè)立啟東市的通知》（蘇政發(fā)〔1989〕122號(hào)），撤縣設(shè)市。