五代十國時名靜海，取海疆寧靜之意。
又因地處長江入海口，四方通達(dá)，后周顯德五年（958）改名為通州，轄靜海、海門兩縣，始筑州城。
宋天圣元年（1023），通州一度改稱崇州，又名崇川。
明道二年（1033）復(fù)稱通州。
政和七年（1117）后，通州一度改為靜�？�。
元至元十五年（1278）通州升為通州路，至元二十一年恢復(fù)為州。
雍正二年（1724），升通州為直隸州，為有別于直隸順天府通州，稱南通州。
民國元年改為“南通縣”，1949年解放后，把縣城區(qū)及近郊合在一起，稱為南通市。
1953年更名為江蘇省南通專區(qū)；同年南通市為省轄市。
1954年南通市轄城東區(qū)、城西區(qū)、唐閘區(qū)、郊區(qū)和天生港鎮(zhèn)。
1958年崇明縣劃歸上海市。
同年9月，南通市改屬南通專署領(lǐng)導(dǎo)。
1962年6月，南通市復(fù)為省轄市。
1970年，南通專區(qū)改稱南通地區(qū)，地區(qū)行署駐南通市。
1979年，南通市設(shè)城中、港閘、郊區(qū)3個市轄區(qū)。
1983年，南通地、市合并，實行市管縣體制，轄城區(qū)（由港閘、城中2區(qū)合并）、郊區(qū)2區(qū)，代管海安、如皋、如東、南通、海門、啟東6縣。
1989年11月、1991年2月，如皋縣、啟東縣先后置縣級市。
1991年，城區(qū)、郊區(qū)分別更名為崇川區(qū)、港閘區(qū)。
1993年，南通縣置縣級通州市。
1994年4月，海門縣置縣級市。
2001年，狼山鎮(zhèn)劃入崇川區(qū)。
2009年3月，通州市改置通州區(qū)。
2018年5月，海安縣撤縣設(shè)市。
2020年7月，港閘區(qū)并入崇川區(qū)，撤銷海門市設(shè)立南通市海門區(qū)。