1949年4月，為倪巷大隊(duì)，徐甲大隊(duì)，王巷大隊(duì)三個大隊(duì)。
1994年2月前，倪巷大隊(duì)、徐甲大隊(duì)、王巷大隊(duì)三個獨(dú)立的大隊(duì)隸屬于西陽鄉(xiāng)。
1994年2月，西陽撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，倪巷大隊(duì)、徐甲大隊(duì)、王巷大隊(duì)三個大隊(duì)隸屬于西陽鎮(zhèn)。
2000年倪巷大隊(duì)、徐甲大隊(duì)、王巷大隊(duì)三個大隊(duì)合并更名為倪巷村。
2000年1月3日，茅麓鎮(zhèn)、西旸鎮(zhèn)合并為茅麓鎮(zhèn)，倪巷村隸屬于茅麓鎮(zhèn)。
2007年3月26日，茅麓鎮(zhèn)成建制并入原薛埠鎮(zhèn)，倪巷村隸屬于薛埠鎮(zhèn)。