石門縣名由“石門郡”而來，石門郡由“天門郡”而來，天門郡因“天門山”而來。
石門之“門”（原來就）分析認為是張家界的天門山。
夏、商、周屬荊楚之域，春秋戰(zhàn)國時期屬楚，秦始皇元年（前221）為慈姑縣地。
漢為零陽縣地。
三國吳永安六年（263）析置天門郡。
晉太康四年（283）置澧陽縣，治所即今縣城，并為天門郡治。
宋、齊因之。
陳改郡、縣均為石門。
隋開皇九年（589）廢石門郡，置石門縣，屬澧陽郡。
唐屬澧州。
五代因之。
宋屬澧州澧陽郡。
元屬澧州路。
明屬岳州府澧州。
清屬澧州。
民國屬第四行政督察區(qū)，1949年屬常澧專區(qū)。
1949年8月，建立縣人民政府，劃全縣為8區(qū)（五、六、七、八區(qū)于次年2月正式建立）。
1950年屬常德專區(qū)。
1951年元月，以原楚江鎮(zhèn)置城關鎮(zhèn)，為縣轄鎮(zhèn)。
4月，縣境置14區(qū)。
10月，慈利縣東岳八保劃屬石門黃礦區(qū)，至次年2月，全縣有14個行政區(qū)，1個礦區(qū)，1個縣轄鎮(zhèn)，5個區(qū)轄鎮(zhèn)，281個鄉(xiāng)。
1955年4月，全縣共14區(qū)、1鎮(zhèn)、281鄉(xiāng)。
1955年5月，將原二百八十一個小鄉(xiāng)并為三十八大鄉(xiāng)，并在此基礎上于同年6月撤銷區(qū)級建制。
1957年5月，成立了蒙泉、皂市、維新場、太平、磨市、泥市六個辦事處，為縣的派出機構。
1958年9月，撤銷鄉(xiāng)鎮(zhèn)，成立28個人民公社。
1961年4月，公社體制進行調整，規(guī)模改小，設38個公社，同年9月3日恢復區(qū)的建制，成立蒙泉、城關、皂市、維新、太平、磨市、蘇市、泥市8個區(qū)公所。
10月28日新成立新街、白洋、望洋、楊坪、川山5個公社，由38增加到43個公社，并制了印監(jiān)，12月28日撤銷城關區(qū)公所。
1964年初撤銷新街公社其轄地并入二都公社內，改城市公社為城關鎮(zhèn)人民委員會(1960年5月城關鎮(zhèn)人民委員會改稱城市公社)。
經過多次調整，1964年初全縣共有7個區(qū)，43個公社，3個居委會，763個生產大隊(簡稱大隊)。
1980年屬常德地區(qū)行政公署。
1982年全縣進行地名普查，對政區(qū)地名進行標準化處理，將6個區(qū)、28個公社、629個大隊更改名稱，原鎮(zhèn)屬居民委員會名稱不變，全縣區(qū)劃為7區(qū)、42個公社（下設752個大隊）、1鎮(zhèn)（下設3個居委會）。
1984年4月，政社分設，建立鄉(xiāng)政府，原公社改鄉(xiāng)。
同年7月發(fā)展小城鎮(zhèn)，將蒙泉鄉(xiāng)改為夏家巷鎮(zhèn)，官渡橋鄉(xiāng)改為官渡橋鎮(zhèn)，易家渡鄉(xiāng)改為易家渡鎮(zhèn)，新關鄉(xiāng)改為新關鎮(zhèn)，皂角市鄉(xiāng)改為皂角市鎮(zhèn)，維新場鄉(xiāng)改為維新場鎮(zhèn)，泥沙鄉(xiāng)改為泥沙鎮(zhèn)，由鎮(zhèn)管村。
年底，全縣區(qū)劃為7區(qū)、8鎮(zhèn)、35鄉(xiāng)、762村委會、8389個村民小組、11個居委會、57個居民小組。
1988年屬常德市。
1995年，撤銷7個區(qū)公所、將原43個鄉(xiāng)鎮(zhèn)并成19個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
原有鄉(xiāng)鎮(zhèn)所轄范圍不打亂，保留5個鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃不變，即城關鎮(zhèn)（更名為楚江鎮(zhèn)）、易家渡鎮(zhèn)、新關鎮(zhèn)、南北鎮(zhèn)、二都鄉(xiāng)。
新建蒙泉鎮(zhèn)、夾山鎮(zhèn)、皂市鎮(zhèn)、維新鎮(zhèn)、磨市鎮(zhèn)、壺瓶山鎮(zhèn)、白云鄉(xiāng)、三圣鄉(xiāng)、子良鄉(xiāng)、太平街鄉(xiāng)、雁池鄉(xiāng)、所街鄉(xiāng)、羅坪鄉(xiāng)14個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
2004年至2008年對全縣村（居）行政區(qū)劃進行大幅度調整。
調整前共有790（其中園藝場、林場等11個）個村（皂市水庫移民全遷村21個不在內）、42個居委會，調整后為290（包括剩頭）個村、42個居委會。
2015年至2016年經過撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)、撤鎮(zhèn)建街道的調整，石門縣下轄楚江、寶峰、永興、二都4街道，蒙泉、夾山鎮(zhèn)、易家渡、新關、皂市、維新、太平、磨市、壺瓶山、南北鎮(zhèn)、白云、新鋪、子良13鎮(zhèn)，三圣、所街、雁池、羅坪4鄉(xiāng)。
東山峰管理區(qū)（東山峰農場）、夾山國家森林公園（夾山國有林場）、大同山國有林場、白云山國有林場（白云山市級森林公園）、洛浦國有林場（洛浦省級森林公園）、秀坪園藝場、觀國山國有林場、剩頭國有林場8個區(qū)、場、園。
84個社區(qū)，247個村（包括6個片、1個園藝場）。