芙蓉區(qū)系長沙市的中心地帶。
1934年，屬長沙市第一區(qū)。
1937年，劃分為南陽鎮(zhèn)（南陽街片）、端履鎮(zhèn)（八角亭片）。
1938年，文夕大火后，長沙市暫并入長沙縣，歸長沙縣城南鎮(zhèn)管轄。
1941年，為長沙縣城東鎮(zhèn)。
1942年，恢復(fù)長沙市，為城東區(qū)。
1949年10月，成立城東區(qū)人民區(qū)公所，為長沙市人民政府派出機(jī)構(gòu)。
1951年，改城東區(qū)區(qū)公所為東區(qū)人民政府，升為縣一級(jí)政權(quán)。
1955年6月，區(qū)人民政府改成區(qū)人民委員會(huì)。
1960年5月改設(shè)為天心閣人民公社，1961年9月復(fù)名為城東區(qū)，1968年9月改設(shè)為東區(qū)，1975年，新建長沙火車站時(shí)，將郊區(qū)的東屯渡公社五一大隊(duì)和火星大隊(duì)成建制搬遷至京廣復(fù)線以東，該兩大隊(duì)所轄地域并入東區(qū)。
1995年4月，增設(shè)五里牌街道，增加5個(gè)居委會(huì)。
1996年7月，撤銷東區(qū)，設(shè)置芙蓉區(qū)。
2002年9月，湘湖管理局與辦事處合署辦公。
2011年12月底，進(jìn)行區(qū)劃調(diào)整，拆分馬王堆街道、東岸街道，合并都正街、解放路、瀏正街、府后街街道。
此次調(diào)整后，芙蓉區(qū)共轄13個(gè)街道。