1948年8月屬信隨縣祝林區(qū)。
1949年2月屬河南省信陽縣祝林區(qū)。
1949年11月屬隨縣祝林區(qū)。
隨后，實行區(qū)管小鄉(xiāng)制，分別為祝林鄉(xiāng)、大善鄉(xiāng)和罐子溝鄉(xiāng)，屬祝林區(qū)。
1956年3月屬殷店區(qū)祝林鄉(xiāng)。
1958年9月成立人民公社，分別命名為燈塔大隊、大山大隊和森林大隊，屬燈塔（草店）公社祝林管理區(qū)。
1959年1月屬殷店公社。
1960年12月復屬草店公社祝林管理區(qū)。
1961年6月屬草店區(qū)祝林公社。
1975年9月屬小林公社祝林管理區(qū)。
1981年地名普查時，燈塔大隊、大山大隊分別更名為祝林店大隊和大善寺大隊，森林大隊不變，屬小林公社祝林管理區(qū)。
1984年設區(qū)建鄉(xiāng)、撤隊改村，祝林店大隊、大善寺大隊和森林大隊分別更名為祝林店村、大善寺村和粉坊村，其中大善寺村屬小林鎮(zhèn)，祝林店村和粉坊村屬淮河區(qū)祝林鄉(xiāng)。
1987年9月，屬小林鎮(zhèn)。
2004年10月三村合并為祝林店村，屬小林鎮(zhèn)至今。