清朝康熙年間屬崖屋店村，清同治年間屬北鄉(xiāng)曲遠保。
民國11年屬第四區(qū)，民國36年屬青曲鄉(xiāng)姜疙瘩保。
1948年為彌陀村。
1951年土改，為彌陀鄉(xiāng)。
1955年撤鄉(xiāng)建社，為英明農(nóng)業(yè)合作社，屬黌門區(qū)管轄。
1956年黌門區(qū)與大柳區(qū)合并為大堰區(qū)，英明農(nóng)業(yè)合作社屬大堰區(qū)管轄。
1958年人民公社化，為英明大隊，屬火箭人民公社管轄。
1961年撤社建區(qū)，英明大隊屬大堰區(qū)管轄。
1975年撤區(qū)并社，英明大隊屬青曲公社管轄。
1981年，更名為彌陀寺大隊，屬青曲公社管轄。
1984年撤社并區(qū)，大隊改村，更名為彌陀寺村，屬大堰區(qū)曲遠河鄉(xiāng)管轄。
1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），彌陀寺村屬青曲鎮(zhèn)管轄至今。