春秋戰(zhàn)國時期為楚國封地。
公元140年屬臨沮(高安、遠安)縣管轄。
元朝屬南鄉(xiāng)。
明屬豐泉里。
清朝時,麻羊河以南屬清溪鋪、木瓜鋪村一帶屬木瓜鋪,花林寺村一帶屬后砦鋪。
1921年屬南鄉(xiāng),1934年為第二區(qū),轄11聯(lián)保、31保、316甲,1941年劃為清溪鄉(xiāng)、龍華鄉(xiāng)。
1948年8月6日,遠安縣解放,設太平鄉(xiāng)、清溪鄉(xiāng),屬遠安縣第一區(qū)管轄。
1950年6月,花林區(qū)域內(nèi)設12個小鄉(xiāng),1955年1月,第一區(qū)政府由城關(guān)遷址花林寺,下轄仍為12個小鄉(xiāng),1956年3月,將石頭店以下的柳林、三橋、清溪、巒峰等地劃歸當陽縣。
1956年夏秋,分設花林鄉(xiāng)、高樓鄉(xiāng),轄25個高級農(nóng)業(yè)合作社。
1958年9月公社化時為幸福公社,轄花林、高樓、太平、龍鳳四個大隊(管理區(qū)級)。
1961年5月正式成立花林區(qū)公所,轄花林、花園、舊縣、龍泉、高樓、太平、龍鳳七個管理區(qū)、52個大隊。
1975年3月,成立花林人民公社管理委員會,將鳳山、汪家、花園、季家等大隊劃歸城關(guān)鎮(zhèn)管理,將安鹿、高巖、董家、鹿苑、紅巖等大隊劃歸舊縣公社管理。
1981年更名為花林寺人民公社管理委員會。
1984年更名為花林寺區(qū)公所。
1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)設立花林寺鎮(zhèn)。
2003年11月,鎮(zhèn)治由花林寺遷址石頭店。