明、清、民國屬孝感縣;1949年5月孝感解放,屬孝感縣三汊埠區(qū)管轄,1951年由三汊埠區(qū)分離成立祝家灣鎮(zhèn),1952年為孝感縣第十八區(qū),1953年改稱祝站區(qū),1958年成立祝站人民公社,下轄9個管理區(qū)96個大隊。
1961年5月撤銷祝站人民公社,恢復(fù)祝站區(qū)。
1966年9月孝感縣改名東風(fēng)縣,祝站區(qū)改名為向陽區(qū),不久仍稱祝站區(qū)。
1975年撤區(qū)并社時設(shè)立祝站人民公社。
1983年12月孝感縣改縣建市,祝站區(qū)屬孝感市,下轄9個管理區(qū)改為鄉(xiāng)。
1987年9月撤區(qū)建鄉(xiāng),祝站區(qū)一分為三:將原下轄三汊、埠鎮(zhèn)、諸趙、草店、涂店5鄉(xiāng)分出劃歸三汊鎮(zhèn);將閔集、下新2鄉(xiāng)分出劃到閔集鄉(xiāng);祝站鎮(zhèn)保留祝站、李畈、姜窯、土門4鄉(xiāng)成立祝站鎮(zhèn)。
1993年孝感地區(qū)撤地(孝感地區(qū))建市(孝感市),原縣級孝感市分為孝南區(qū)和孝昌縣,祝站鎮(zhèn)隸屬孝感市孝南區(qū);2018年3月20日,祝站鎮(zhèn)37個村、1個社區(qū)調(diào)整合并為14個村、2個社區(qū),2019年9月3日,祝站、長河2個社區(qū)改置為村,沿用至今。